Under det som i norsk middelalderhistorie betegnes som borgerkrigstiden var det flere trefninger på Sunnmøre. Det er ikke før i slutten av denne perioden, rundt århundreskiftet at vi hører om hendelser på Sunnmøre. Den første gangen man hører om dette er i 1198 eller 1199 da Baglerene kom til Borgund og tok all leidang som var oppsamlet her. Etter dette er den mest dramatiske hendelsen i 1206 da Baglerne angriper Borgund og dreper 18 mann samt at de setter fyr på et leidangspkip som er under bygging.